Посмотрел я мануал, там 2 гнезда рядом CPU Fan Connector (CPU_FAN1) и CPU Fan Connector (CPU_FAN2), первый 4-х пиновый, второй 3-х. Значит надо пробовать перетыкнуть в другой, потому как некорректно работает.
Покажите скриншот HWMonitor после проделанных изменений. В какой конкретно разъем сейчас подключен вентилятор? Не выставлен ли в биосе "тихий" режим работы вентилятора? Покажите скриншот первой вкладки программы CPU-Z