большую часть этих менеджеров добавить в список
CMD/BAT - Taskkill приложения при запуске другой программы
а с меньшей (единичной, как в моем примере, но с учетом что эта хоть известная, а есть и самописные и не выложенные в общий доступ) что делать-то?
а вообще я вам даже больше скажу: Если вы даже сделаете свою программу в виде процесса и организуете скрытый запуск (не будет отображаться в процессах), то не надейтесь что даже не самый продвинутый сисадмин подковырнет этот процесс на раз два.