2Stanner:
1) Тихая установка это что ли без UI?
2) Подхват настроек прост как пилорама! Если есть ини-файл настройки читаются оттуда, если нету - то ставятся настройки по умолчанию
3) Про удаление: ну примерно нечто подобное и будет, банальный запуск второй копии: она найдет первую, уже работающую копию, скажет ей "даффай на выход" и завершится сама. Первая работающая копия услышав "даффай на выход" сама же и завершится. Каталог можно грохать будет почти сразу, повременив сек-другую пока Винда осободит все DLL-ки (тут теоретически нет никакого документированного способа гарантировано выгрузить все ДЛЛ, но можно Винде намекнуть чтобы она несколько побыстрее этим занялась. Дальше все зависит только от самой Винды - обычно быстро, но если она решит что у нее есть дела и поважнее, то она хозяйка-барыня). С таким поведением в теории ничего сделать нельзя (и тут Билли прав, это более чем разумно и аргументировано). На практике же, как говорил, обычно Винда сбрасывает достаточно быстро - но тут тоже еще бабка надвое сказала. Одно дело что там за "басни" Винда "рассказывает" всяким системным мониторам вроде Process Explorer, другое дело что на самом деле творится в виртуальной памяти на предмет проекций ДЛЛ файлов в память...
4) А разрегать ДЛЛ
не нужно - они никаким образом не регаются в Винде.
( - "Уби-и-и-ицы" 
) . Когда Мапля стремится на выход - она кое-чего очень капитально подчищает в винде. Далеко не одна версия была переписана, прежде чем удалось нащупать вполне документированный способ трёхнуть винду на тему "Аддай ДЛЛ, я все пращу