Чего то я намудрил с вопросом об окне, раз никто не отвечает.
Подскажите тогда как в том же ВАТ-нике прописать запрос на перегрузку?
Я так думаю, надо создать переменную, в которую будут заносится значения "у" или "n" с клавиатуры и взависимости от этого значения будет запускаться или нет следующий ВАТ-файл с вышеуказанными строками:
Доп. утилиты Вам не подходят. Командного интерпретатора в win9x я уже не помню. Посмотрите наличие ключа в команде SET /P и его описание, может Вас устроит.