Получается "сталкиваются лбами" через VPN две одинаковые по названию рабочие группы...???
1) VPN, с точки зрения маршрутизации ни чем не отличается от обыкновенного сегмента третьего уровня.
Собственно для клиентов нет разницы, обыкновенный router или VPN-gate, о том как "пропихивать" пакеты по каналу ведает только маршрутизатор/gate.
2) Сетевую схему нарисуйте.
3) Теоретически решения 2
3.1. поднять WINS сервер(а)
3.2. Создать домен
4) Собственно ваша проблемма не в VPN, а в службе обозревателя сети.
Этому у нас посвещена отдельная тема - почитайте
WINS/Browse - Сети Windows. Network Browsing. Обозреватель сети. WINS. Сетевое окружение - проблемы