%wpipath%\\Install\\System\\DotNet.exe
если путь к программе указан правильно то проверьте нет ли в нём названий на русском языке, если есть то укажите путь в кавычках "" "%wpipath%\\Install\\System\\DotNet.exe" /S
А вообще лучше используйте возможность добавлять и изменять список программ самой WPI, в меню где вы ставите галочки для выбора программ нажмите клавишу F3 и добавляйте свои программы там.