дабы не делать это ручками: как автоматизировать добавление этих папок в исключения?
Microsoft Security Essentials
как-то так
PsExec.exe -s -i REG ADD "HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Microsoft Antimalware\Exclusions\Paths" /v "C:\ProgramData\Microsoft\Microsoft Antimalware" /t REG_DWORD /d 0 /f
PsExec.exe -s -i REG ADD "HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Microsoft Antimalware\Exclusions\Paths" /v "C:\ProgramData\Microsoft\Microsoft Security Essentials" /t REG_DWORD /d 0 /f
PsExec.exe -s -i REG ADD "HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Microsoft Antimalware\Exclusions\Paths" /v "C:\Program Files\Microsoft Security Essentials" /t REG_DWORD /d 0 /f
PsExec.zip