Так меня интересует именно синхронизация.
Прочее - Символьные ссылки на Яндекс.Диске
А тут не совсем вас понял. Если хотите синхронизацию, то у вас облако и физические диски будут занимать одинаковые объёмы.
Если чисто символические ссылки, то без доступа к интернету, они так и останутся только ссылками.
Ещё раз - отключите синхронизацию. Делайте только по мере необходимости.
Да и нагрузка и тормоз будут значительно меньше.