Не думаю что это нужно только мне, но лично я не буду использовать способ с дополнительным запуском дополнительных скриптов. У меня в сборке скайп ставится по умолчанию, автозагрузку я не отключал, то-есть после установки системы и финальной перезагрузки, скайп "висит" в трее. И пользователь если захочет его использовать то нажимает на значок в трее. В данный момент я собираюсь включить в свою сборку версию 4.2.0.187 которая позволяет выключить авто-обновление хотя-бы вручную средствами самого скайпа в его интерфейсе.