Чтобы окно при появлении сразу было свернуто, нужно при его создании указывать флаг типа WState_Minimized (это для QT). Для MS VS, C++ Builderи Delphi и т.д. можно просто при создании формы указать в её свойствах, что она должна быть Minimized
Стоп, я все-таки неправильно Вас понял. Я имел в виду - запуск приложения, которое при появлении будет свернутым в таскбар. А Вы, как выясняется, все-таки хотите чего-то совсем другого. Подозреваю, что то ли скрытия программы от пользователя, то ли ещё чего...
Кстати, если у вас приложение не имеет окон, то окон и не будет - только в диспетчере задач будет болтаться Ваша задача. Может это и надо?